Även enkla reflux är obekvämt, det gör det oftast inte utgör en fara för friska individer. Från hälften till tre fjärdedelar av personer med refluxsjukdom har lindriga symtom som i allmänhet klara upp som svar på enkla åtgärder. Med tiden kan dock allvarliga problem utvecklas när täta återfall i samband wih ihållande GERD går obehandlade. Dessa komplikationer kan innefatta förträngning (striktur) i matstrupen, erosion av sitt foder, precancerösa förändringar i sina celler, och esofagus sår.
En komplikation, som kallas refluxesofagit, är inflammation som uppstår när syra och pepsin, som frigörs från magen, erodera områden i slemhinna, ytskiktet av celler som klär matstrupen. Förutom den brännande känsla av enkla halsbränna kan patienter med esofagit också klaga av smärta bakom bröstbenet sprider sig i ryggen eller upp till nacken, käken, eller till och med öronen. Smärtan kan vara så intensiv att du kan ha problem att svälja, och kanske till och med tror att du har en hjärtattack.
Med esofagit, får mat känns som om det fastnar i halsen innan du går ner i matstrupen. Varma drycker är obehagligt att svälja, och du kan ha en viss illamående. Du kan också spy lite sura vätska i halsen, vilket resulterar i en hosta. Den inflammation i matstrupen kan även leda till blödning. Endoskopi är nödvändig för att bekräfta diagnosen esofagit och lokalisera alla tillhörande sår eller strikturer. Blödande sår i en inflammerad matstrupe kan kräva aggressiv behandling, såsom blodtransfusion och, för att stoppa blödningen, passerade en sond genom en endoskopisk röret för att tillämpa el eller värme, eller att injicera blodkärls-bromsande medel i blödningsställe. Strikturer kan behöva dilaterade genom endoskopi, med hjälp av en ballong eller annan speciell dilator. Om en tredjedel av de patienter som behöver denna procedur kräver en serie av behandlingar för att helt öppna passagen.
En annan komplikation till kronisk inflammation i matstrupen är Barretts esofagus, en abnormitet där högväxt celler som liknar dem som kantar tunntarmen ersätta squamous eller platta celler som normalt nedre delen av matstrupen. Sjukdomen, en potentiell konsekvens av långvarig GERD, orsakas av långvarig och allvarlig exponering för syra från magen och gallan i tunntarmen. Barretts esofagus kan med tiden utvecklas till cancer, så att patienter uppmanas att ha regelbundna endoskopiska utvärderingar (inklusive biopsier) för att identifiera mycket tidiga maligna förändringar. Personer som är mest utsatta är de som utvecklat GERD i tidig ålder och har haft det i många år.
En studie rapporterade en högre risk för matstrupscancer i GERD patienter, oavsett om de har Barretts esofagus. Lyckligtvis bara en mycket liten andel av patienter med GERD kommer att utveckla matstrupscancer. Vissa experter tror att det är reflux av galla, förutom syra, ökar det risken för matstrupscancer.
GERD kan också resultera i tandproblem, bland annat förlust av tandemaljen. Och det kan orsaka spasmer i stämbanden (larynx), blockering av flödet av luft till lungorna. En studie har rapporterat att sådana spasmer kan orsaka sömnapné, en sjukdom där andningen ofta stannar under korta stunder under sömnen.